Ελληνική Επανάσταση και ΑνεξαρτησίαΣτην αρχή δεν ευνόησε τη διαμόρφωση των συνθηκών που θα καλλιεργούσαν έναν πανελλήνιο αγώνα, γιατί πίστευε κι αυτός, όπως κι ο Κοραής, για διαφορετικό λόγο όμως ο καθένας, πως με την ύπαρξη της τότε πανίσχυρης Ιεράς Συμμαχίας, κάθε απόπειρα τέτοιας μορφής ήταν καταδικασμένη από πριν σε αποτυχία. Μόλις έμαθε όμως ότι ολόκληρο το έθνος έχει ξεσηκωθεί, βοήθησε με κάθε πρόσφορο μέσο την επανάσταση κι έφτασε στο σημείο να εισηγηθεί στον τσάρο πρόταση με την οποία αναλάμβανε την προστασία των Ελλήνων.
Μετά το ευτυχές τέλος της επανάστασης η Εθνική Συνέλευση της Τροιζήνας αποφασίζει να του αναθέσει το ρόλο του κυβερνήτη (14 Απριλίου 1827). Από την εποχή εκείνη αρχίζει ένα δυσβάσταχτο αγώνα, προσπαθώντας να βρει πόρους για το νεοδημιουργούμενο κράτος. Φθάνοντας με τη συνοδεία ενός ρωσικού κι ενός γαλλικού πολεμικού πλοίου στην Ελλάδα, αποβιβάζεται στο Ναύπλιο στις 13 Ιανουαρίου του 1828. Μετά από επίπονες διαβουλεύσεις στις Ευρωπαϊκές πρωτεύουσες για την εξασφάλιση της απαραίτητης υποστήριξης για το ελληνικό κράτος, έφτασε στο Ναύπλιο τον Ιανουάριο του 1828. Η πρώτη επαφή του με την ηπειρωτική Ελλάδα κατά πολλούς υπήρξε αποκαρδιωτική λόγω της κατάστασης που επικρατούσε στο ελληνικό πολιτικό σκηνικό: οι αντιπαλότητες που είχαν προκύψει μεταξύ των φατριών κατά την διάρκεια της επανάστασης δεν είχαν κοπάσει. Εξάλλου η χώρα είχε καταστραφεί και η οικονομία της τελούσε υπό πτώχευση.
Για την αντιμετώπιση αυτής της κατάστασης αναγκάστηκε να ενεργήσει με τέτοιο τρόπο, που δημιούργησε πολλές αντιδράσεις. Ίδρυσε το «Πανελλήνιο» γνωμοδοτικό σώμα που αποτελούνταν από 27 μέλη, συγκεντρώνει όμως όλη την εξουσία στα χέρια του. Παρόλο ότι υπόσχεται προκήρυξη εκλογών για την ανάδειξη νέας Συνέλευσης που θα αποφάσιζε για τη μορφή του πολιτεύματος της χώρας καθυστερεί στην εκτέλεσή τους και όταν, τελικά, αυτές έγιναν δε φημίστηκαν για τον άψογο τρόπο εκτέλεσής τους.
Ο κυβερνήτης διακρίθηκε για τη μεγάλη αγάπη του για την πατρίδα, έθεσε σαν στόχο να βάλει τέλος στον εμφύλιο και να επιδιώξει σημαντικές μεταρρυθμίσεις για την ανόρθωση της κρατικής μηχανής καθώς και για την θέσπιση του νομικού πλαισίου της πολιτείας, απαραίτητου για την εγκαθίδρυση της τάξης. Αναδιοργάνωσε τις ένοπλες δυνάμεις υπό ενιαία διοίκηση πετυχαίνοντας, αφενός, να καταπολεμήσει το κατεστημένο των φατριών, και, αφετέρου, να παρεμποδίσει την Οθωμανική προέλαση. Εφάρμοσε την πρακτική της απομόνωσης (καραντίνας) των κοινοτήτων που πλήττονταν από επιδημίες όπως τον τύφο, την ελονοσία κλπ. Επίσης προσπάθησε να ανοικοδομήσει το κατεστραμμένο εκπαιδευτικό σύστημα της Ελλάδας, ιδρύοντας πολλά αλληλοδιδακτικά σχολεία, μουσεία, βιβλιοθήκη το Ορφανοτροφείο της Αίγινας και ίδρυσε τη Στρατιωτική Σχολή Ευελπίδων. Την εποχή του Καποδίστρια επίσης ιδρύθηκε η Γεωργική Σχολή της Τίρυνθας και έγινε η πρώτη απόπειρα για την καλλιέργεια πατάτας.
Ο τρόπος που ο Καποδίστριας εισήγαγε την καλλιέργεια της πατάτας παραμένει περίφημο ανέκδοτο σήμερα: Παραγγέλνοντας ένα φορτίο πατάτες, πρώτα διέταξε ότι πρέπει να προσφερθούν σε όποιον θα ενδιαφερόταν. Όμως οι πατάτες αντιμετωπίστηκαν με αδιαφορία από τον πληθυσμό και ολόκληρο το σχέδιο φάνηκε να αποτυχαίνει. Όμως ο Καποδίστριας, έχοντας γνώση για τις σύγχρονές του ελληνικές συνήθειες, διέταξε ολόκληρη η αποστολή των πατατών να ξεφορτώνεται σε δημόσια επίδειξη στις αποβάθρες του Ναυπλίου, αλλά να φυλάσσονται από φαινομενικά αυστηρές φρουρές. Σύντομα, κυκλοφόρησαν φήμες για τις πατάτες, ότι αφού τόσο καλά φρουρούνταν, έπρεπε να είναι μεγάλης σπουδαιότητας. Και αφού ήταν έτσι, κάποιοι δοκίμαζαν να τις κλέψουν. Οι φρουρές είχαν διαταχθεί εκ των προτέρων να κάνουν με τρόπο τα στραβά μάτια και να επιτρέπουν ουσιαστικά την κλοπή. Έτσι, σύντομα όλες οι πατάτες του φορτίου είχαν κλαπεί και το σχέδιο του Καποδίστρια να τις εισαγάγει στην Ελλάδα είχε πετύχει.
Μετέφερε την πρωτεύουσα από το Ναύπλιο στην Αίγινα και την επανέφερε στο Ναύπλιο μετά από λίγο. Ασχολήθηκε με την τοπική αυτοδιοίκηση, έκοψε νομίσματα («φοίνικες») και ενίσχυσε το εμπόριο.
Στην προσπάθεια του να εγκαθιδρύσει ένα ανεξάρτητο και αυτοδύναμο κράτος αναγκάστηκε να καταπολεμήσει διάφορες φατρίες. Ασχολήθηκε κυρίως με τους Πελοποννήσιους. Μοιραία στάθηκε η αντιπαλότητα με τους Μαυρομιχάληδες. Ο Καποδίστριας επεδίωξε την σύλληψη και φυλάκιση του Πέτρου Μαυρομιχάλη (Μπέη). Αυτό έδωσε το έναυσμα στον αδερφό του Κωνσταντίνο και τον υιό του Γιώργη να δολοφονήσουν τον Ι. Καποδίστρια στα σκαλιά του Αγίου Σπυρίδωνα στο Ναύπλιο στις 27 Σεπτεμβρίου (9 Οκτωβρίου) 1831.
Στη θέση του δολοφονημένου Ι. Καποδίστρια διορίστηκε για μικρό διάστημα ο αδερφός του Αυγουστίνος Καποδίστριας.
